“有朋自远方来”的“自”的含义是：从。

原句的意思是：有志同道合的远道而来的朋友。

“有朋自远方来”的“自”的含义是：来自。

原句的意思是：有朋友从远方来。

“有朋自远方来”的“自”是“从”的意思，这个句子可以改写为“有朋友从远方来”。

“自”在这里的意思是“从”，是介词。它可以组成介词短语，如“自从”、“自此”等，在这里“自”用在动词前面，表示动作、行为由谁承担，是对“自”的进一步引申，表示来源、起源，如“自古”、“自然”等。