1、定义不同：临聘教师又称代课/顶岗教师，学校教师因为休产假或其他原因，出现临时性教师短缺，又无法通过教师招聘的方式统一调配，就会招聘临聘教师，招聘方式由学校自行组织，薪资由学校发放。合同制教师又称聘任制教师，是用人单位签订劳动合同来确定劳务关系的一种工作形式，一般签订3至5年的劳动合同，薪资待遇参照在编教师发放。

2、适用范围不同：合同制教师的主体为企业，聘用合同适用的范围主要为事业单位。聘用合同是近年事业单位人事制度改革的产物，聘用合同制度的内容反映了事业单位的用人制度通过订立劳动合同以实现其物质产品的生产。

3、政府干预的程度不同：目前事业单位仍在改革当中，作为聘用合同一方当事人的用人单位尚不是完全意义上的独立的市场主体，这一点与企业已在改革中成为独立的市场主体也有所区别。

4、管理监督部门不同：临聘教师和合同制教师分别由国务院人事部和劳动保障部对其进行宏观政策指导和监督。