教师资格认定申请表原件丢失，补办流程如下：

(一)档案保管机构与持证人确认《申请表》缺失或损毁情况。

(二)档案保管机构核实持证人相关信息，传真或发函至补办机构。

(三)补办机构核查持证人材料，并将核查情况函复档案保管机构。

(四)补办《申请表》。按照下列两种情况处理：

1.补发《申请表》。如果《申请表》原件留存于发证机构的，发证机构直接将原件复印，注明“与原件相符”字样，加盖公章，并在备注栏中注明“个人档案原件遗失，于*年*月*日补办”。

2.补办《申请表》。如果《申请表》原件未留存于发证机构的，由发证机构核查持证人的教师资格认定原始材料，确认无误后联系持证人提交照片、填写《申请表》(一式两份)。补办机构收到《申请表》后，完善相应手续进行补办，并在备注栏中注明“原件遗失，于*年*月*日补办”。

(五)发证机构将补办的《申请表》送交申请补办的档案保管机构，补办机构还应同时留存一份申请表备查。

(六)补办机构在送交《申请表》后，告知持证人。