1、编制管理不同

原则上，我国公共部门根据不同的编制类型实行不同的人事制度，行政编制人员实行公务员管理制度，事业编制人员实行事业单位人事管理制度。然而，参公事业单位就是我国编制管理和人事制度管理中存在的一个例外，也就是说，参照公务员管理事业单位的工作人员其编制仍然在事业编制序列，然而却按照公务员管理办法进行管理。

2、人事制度不同

参公事业单位实行公务员制度，一般事业单位实行事业单位人事管理制度。公务员制度和事业单位人事管理制度在招录、晋升、薪酬、退休、养老等诸多人事管理方面都存在不同，如招录制度，参公事业单位和行政机关人员招录必须遵守《公务员录用规定》等法律法规的规定，而事业单位工作人员的招聘必须按照事业单位公开招聘的一系列规定执行。

3、享有资源不同

主要表现为两个方面：第一，通过参公管理身份的确立，能够增强参公事业单位工作开展的权威性和公信力；第二，参公管理的身份保障了参公事业单位工作人员类同公务员的福利待遇。例如，参公人员基本可以无障碍地在事业单位与国家机关之间进行交流，从而有较大职业发展空间。因此，绝大多数事业单位都非常希望纳入参公管理。