二者工资标准、福利标准都执行不同的规定。现在的事业单位无论是在编的还是编制外的都是采用聘用制，有编制相对有保障一些。编制内的员工因为有足够的保障，所以他们完全不用担心这些相关福利不会发给他们，而编制外的员工虽然说和编制内的员工同工同酬，但是在某些方面还是会有一点区别的。

1、编制内和编制外从待遇上看，两者完全是不同的。工资标准、福利标准都执行不同的规定。

2、编制内的工作人员的工资和福利待遇由当地财政部门发放，编制外用工的工作人员的工资是由事业单位本单位发放，编制内与编制外工资和待遇相差较大。

3、编制内人员的人事关系由当地人事局管理，编制外用工的人事关系由事业单位本单位或人才交流中心管理。

4、编制内用工如果工作人员不犯错误一般不存在被解聘，比较稳定，至于编制外用工事业单位会根据单位实际效益决定工资待遇和是否解聘。现在的事业单位无论是在编的还是编制外的都是采用聘用制，有编制相对有保障一些。