主要有以下几方面：

一是工作性质方面，公务员从事的主要是国家行政事务性工作；事业单位从事的主要是社会公益性工作，或者说是非营利性工作。

二是工资收入方面，公务员的收入是按照国家公务员管理条例的规定发放，并根据国家财政的状况进行调资；事业单位的工资收入一般不受国家约定，由各事业单位根据市场情况而定。一般来说事业单位的工资收入比公务员高。

三是保险福利方面，公务员享受的保险福利是按照国家公务员管理条例的规定执行；事业单位人员享受的保险福利是按照国家有关的社会保障规定执行，一般要逐步实行社会化。一般来说，公务员享受的福利待遇比事业单位人员的要好些。

四是用人方面，公务员的录用、提升、退休、辞退、辞职等是按照国家公务员管理条例的规定执行；而事业单位的录用、提升、退休、辞退等，是按照国家劳动法的有关规定执行，但事业单位对人员的管理权限要大一些