两者概念有区别：

一、含义不同：

机关单位其实就是行政单位,是国家机关，是法定的行政主体。而事业单位则是国家基于公共目的成立的公共事业组织，除过法律授权的事业单位，均不是行政主体。

二、编制不同：

行政单位使用行政编制、由国家行政经费负担;事业单位使用事业编制，由国家事业经费负担。

三、形式不同：

自主事业单位：自收自支事业单位作为事业单位的一种主要形式，由于不需要地方财政直接拨款，因而一些地方往往放松对它的管理，造成自收自支事业单位有不断膨胀的趋势。

行政单位是国家机关，事业单位不是国家机关，行政单位往往有行政权力，事业单位大多数没有行政权力，事业单位的主要特征是:具有服务性、公益性和知识密集性。