一、分类不同

1、公益一类承担的是基础医疗卫生、教育、科研等公益服务职能，不宜或者不能由社会服务代替，也不能由市场配置资源。公益一类事业单位基本上全部是全额拨款的事业单位，唯一的例外就是乡镇卫生院。

2、公益二类是政府资助一部分提供保障，也可以通过市场进行资源配置，如公立医院等。公益一类、二类具体由各地结合实际研究确定。

二、服务范围不同

1、公益一类包括承担义务教育、基础性科研、公共文化、公共卫生及基层的基本医疗服务等基本公益服务，不能或不宜由市场配置资源的单位或机构。

2、公益二类包括应具备以下条件的一类事业单位：面向社会提供公益服务，按照政府确定的公益服务价格收取费用，其资源在一定区域或程度上可通过市场配置。如普通高等教育机构、非营利医疗机构等。

三、经营限制不同

1、公益一类的事业单位不得开展经营活动。对这类事业单位的机构编制要从严控制，并加强监督和管理，使其不断提高服务质量和社会效益。

2、公益二类的事业单位根据国家确定的公益目标，自主开展相关业务活动，并依法取得服务收入，其服务价格执行政府定价或政府指导价。在完成规定任务的基础上，可依法开展相关的经营活动。